Белки составляют материальную основу химической деятельности клетки.
Функции белков в природе универсальны. Названию белки, наиболее
принятому в отечественной литературе, соответствует термин протеины (от
греч. proteios - первый). К настоящему времени достигнуты большие успехи
в установлении соотношения структуры и функций белков, механизма их участия в
важнейших процессах жизнедеятельности организма и в понимании молекулярных
основ патогенеза многих болезней.
В зависимости от молекулярной массы различают пептиды и белки. Пептиды
имеют меньшую молекулярную массу, чем белки. Для пептидов более свойственна
регуляторная функция (гормоны, ингибиторы и активаторы ферментов, переносчики
ионов через мембраны, антибиотики, токсины и др.).
α-АМИНОКИСЛОТЫ. КЛАССИФИКАЦИЯ
Пептиды и белки построены из остатков α-аминокислот.
Общее число встречающихся в природе аминокислот превышает 100, но некоторые из
них обнаружены лишь в определенном сообществе орга-
низмов, 20 наиболее важных α-аминокислот постоянно встречаются во всех
белках.
α-Аминокислоты - гетерофункциональные соединения, молекулы которых
содержат одновременно аминогруппу и карбоксильную группу у одного и того же
атома углерода.
Названия α-аминокислот могут быть построены
по заместительной номенклатуре, но чаще используются их тривиальные названия.
Тривиальные названия α-аминокислот обычно
связаны с источниками выделения. Серин входит в состав фиброина шелка (от лат. serieus
- шелковистый); тирозин впервые выделен из сыра (от греч. tyros -
сыр); глутамин - из злаковой клейковины (от нем. Gluten
- клей); аспарагиновая кислота - из ростков спаржи (от лат. asparagus -
спаржа).
Многие α-аминокислоты синтезируются в
организме. Некоторые аминокислоты, необходимые для синтеза белков, в организме
не образуются и должны поступать извне. Такие аминокислоты называют незаменимыми.
К незаменимым α-аминокислотам относятся:
валин изолейцин метионин триптофан
лейцин лизин треонин фенилаланин
α-Аминокислоты классифицируют несколькими способами в зависимости от
признака, положенного в основу их деления на группы.
Одним из классификационных признаков служит химическая природа радикала
R. По этому признаку аминокислоты делятся на
алифатические, ароматические и гетероциклические.
Алифатические α-аминокислоты. Это наиболее многочисленная группа.
Внутри нее аминокислоты подразделяют с привлечением дополнительных
классификационных признаков.
В зависимости от числа карбоксильных групп и аминогрупп в молекуле
выделяют:
• нейтральные аминокислоты - по одной группе NH2 и СООН;
• основные аминокислоты - две группы NH2 и одна группа
СООН;
• кислые аминокислоты - одна группа NH2 и две группы
СООН.
Можно отметить, что в группе алифатических нейтральных аминокислот число
атомов углерода в цепи не бывает больше шести. При этом не существует
аминокислоты с четырьмя атомами углерода в цепи, а аминокисоты с пятью и шестью
атомами углерода имеют только разветвленное строение (валин, лейцин,
изолейцин).
В алифатическом радикале могут содержаться «дополнительные» функциональные
группы:
• гидроксильная - серин, треонин;
• карбоксильная - аспарагиновая и глутаминовая кислоты;
• тиольная - цистеин;
• амидная - аспарагин, глутамин.
Ароматические α-аминокислоты. К этой группе относятся фенилаланин и
тирозин, построенные таким образом, что бензольные кольца в них отделены от
общего α-аминокислотного фрагмента метиленовой
группой -СН2-.
Гетероциклические α-аминокислоты. Относящиеся к этой группе гистидин и триптофан
содержат гетероциклы - имидазол и индол соответственно. Строение и свойства
этих гетероциклов рассмотрены ниже. Общий принцип построения
гетероциклических аминокислот такой же, как и ароматических.
Гетероциклические и ароматические α-аминокислоты
можно рассматривать как β-замещенные производные аланина.
К героциклическим относится также аминокислота пролин, в которой
вторичная аминогруппа включена в состав пирролидинового
В зависимости от бокового радикала выделяют аминокислоты с неполярными
(гидрофобными) радикалами и аминокислоты c полярными (гидрофильными)
радикалами.
К первой группе относятся аминокислоты с алифатическими боковыми
радикалами - аланин, валин, лейцин, изолейцин, метионин - и ароматическими
боковыми радикалами - фенилаланин, триптофан.
Ко второй группе принадлежат аминокислоты, у которых в радикале имеются
полярные функциональные группы, способные к ионизации (ионогенные) или не
способные переходить в ионное состояние (неионогенные) в условиях организма.
Например, в тирозине гидроксильная группа ионогенная (имеет фенольный
характер), в серине - неионогенная (имеет спиртовую природу).
Полярные аминокислоты с ионогенными группами в радикалах в определенных
условиях могут находиться в ионном (анионном или катионном) состоянии.
Стереоизомерия
Основной тип построения α-аминокислот, т.
е. связь одного и того же атома углерода с двумя разными функциональными
группами, радикалом и атомом водорода, уже сам по себе предопределяет хиральность
α-атома углерода. Исключение составляет простейшая аминокислота глицин H2NCH2COOH,
не имеющая центра хиральности.
Конфигурация α-аминокислот определяется по
конфигурационному стандарту - глицериновому альдегиду. Расположение в
стандартной проекционной формуле Фишера аминогруппы слева (подобно группе ОН в
L-глицериновом альдегиде) соответствует L-конфигурации, справа - D-конфигурации
хирального атома углерода. По R,S-системе α-атом
углерода у всех α-аминокислот L-ряда имеет S-, а у D-ряда - R-конфигурацию.
Большинство α-аминокислот содержит в
молекуле один асимметрический атом углерода и существует в виде двух оптически
активных энантиомеров и одного оптически неактивного рацемата. Почти все
природные α-аминокислоты принадлежат к L-ряду.
Аминокислоты изолейцин, треонин и 4-гидроксипролин содержат в молекуле по
два центра хиральности.
Стереоизомерия изолейцина аналогична
рассмотренной ранее стереоизомерии треонина. Из четырех стереоизомеров в состав
белков входит L-изолейцин с S-конфигурацией обоих асимметрических атомов
углерода С-α и С-β. В названиях другой пары
энантиомеров, являющихся диастереомерами по отношению к лейцину, используется
приставка алло-.
Кислотно-основные свойства
Амфотерность аминокислот обусловлена кислотными (СООН) и основными (NH2)
функциональными группами в их молекулах. Аминокислоты образуют соли как со
щелочами, так и с кислотами.
В кристаллическом состоянии α-аминокислоты
существуют как диполярные ионы H3N+ - CHR-COO- (обычно
используемая запись строения аминокислоты в неионизированной форме служит лишь
для удобства).
В водном растворе аминокислоты существуют в виде равновесной смеси диполярного
иона, катионной и анионной форм.
Положение равновесия зависит от рН среды. У всех
аминокислот преобладают катионные формы в сильнокислых (рН 1-2) и анионные - в
сильнощелочных (рН >11) средах.
Аналитически важные реакции α-аминокислот
α-Аминокислоты как гетерофункциональные
соединения вступают в реакции, характерные как для карбоксильной, так и для
аминогруппы.
Некоторые химические свойства аминокислот обусловлены функциональными группами
в радикале. В настоящем разделе рассматриваются реакции, имеющие практическое
значение для идентификации и анализа аминокислот.
Этерификация. При взаимодействии аминокислот со спиртами в присутствии
кислотного катализатора (например, газообразный
хлороводород) с хорошим выходом получаются сложные эфиры в виде гидрохлоридов.
Для выделения свободных эфиров реакционную смесь обрабатывают газообразным
аммиаком.
Сложные эфиры аминокислот не имеют диполярного строения, поэтому, в
отличие от исходных кислот, они растворяются в органических растворителях и
обладают летучестью. Так, глицин - крис- таллическое
вещество с высокой температурой плавления (292 °С), а его метиловый эфир -
жидкость с температурой кипения 130 °С. Анализ эфиров аминокислот можно
проводить с помощью газожидкостной хроматографии.
Реакция с формальдегидом. Практическое значение имеет реакция с формальдегидом,
которая лежит в основе количественного определения аминокислот методом формольного
титрования (метод Сёренсена).
Амфотерность аминокислот не позволяет проводить непосредственно
титрование их щелочью в аналитических целях. При взаимодействии аминокислот с
формальдегидом получаются относительно устойчивые аминоспирты -
N-гидроксиметильные производные, свободную карбоксильную группу которых затем
титруют щелочью.
Качественные реакции. Особенность химии аминокислот и белков заключается в
использовании многочисленных качественных (цветных) реакций, составлявших ранее
основу химического анализа. В настоящее время, когда исследования проводятся с
помощью физико-химических методов, многие качественные реакции продолжают
применять для обнаружения α-аминокислот,
например, в хроматографическом анализе.
Хелатообразование. С катионами тяжелых металлов α-аминокислоты
как бифункциональные соединения образуют внутрикомплексные соли, например, со
свежеприготовленным гидроксидом меди (II) в мягких условиях получаются хорошо
кристаллизующиеся хелатные соли меди(II) синего цвета (один из
неспецифических способов обнаружения α-аминокислот).
Нингидринная реакция. Общая качественная реакция α-аминокислот
- реакция с нингидрином. Продукт реакции имеет синефиолетовый цвет, что
используется для визуального обнаружения аминокислот на хроматограммах (на
бумаге, в тонком слое), а также для спектрофотометрического определения на
аминокислотных анализаторах (продукт поглощает свет в области 550-570 нм).
Дезаминирование. В лабораторных условиях эта реакция осуществляется при
действии азотистой кислоты на α-аминокислоты (см.
4.3). При этом образуется соответствующая α-гидроксикислота
и выделяется газообразный азот, по объему которого судят о количестве
вступившей в реакцию аминокислоты (метод Ван-Слайка).
Ксантопротеиновая реакция. Эта реакция используется для
обнаружения ароматических и гетероциклических аминокислот - фенилаланина,
тирозина, гистидина, триптофана. Например, при действии концентрированной
азотной кислоты на тирозин образуется нитропроизводное,
окрашенное в желтый цвет. В щелочной среде окраска становится оранжевой в связи
с ионизацией фенольной гидроксильной группы и увеличением вклада аниона в
сопряжение.
|
Существует также ряд частных реакций, позволяющих обнаруживать отдельные
аминокислоты.
• Триптофан обнаруживают при помощи реакции с п-(диметиламино)бензальдегидом
в среде серной кислоты по появляющемуся красно-фиолетовому окрашиванию (реакция
Эрлиха). Эта реакция используется для количественного анализа триптофана в
продуктах расщепления белков.
• Цистеин обнаруживают с помощью нескольких качественных
реакций, основанных на реакционной способности
содержащейся в нем меркаптогруппы. Например, при нагревании раствора белка с
ацетатом свинца (СНзСОО)2РЬ в щелочной среде образуется черный осадок сульфида
свинца PbS, что указывает на присутствие в белках цистеина.
Биологически важные химические реакции
В организме под действием различных ферментов осуществляется ряд важных
химических превращений аминокислот. К таким превращениям относятся
трансаминирование, декарбоксилирование, элиминирование, альдольное расщепление,
окислительное дезаминирование, окисление тиольных групп.
Трансаминирование является основным путем биосинтеза α-ами-
нокислот из α-оксокислот. Донором аминогруппы служит аминокислота,
имеющаяся в клетках в достаточном количестве или избытке, а ее акцептором -
α-оксокислота. Аминокислота при этом превращается в оксокислоту, а
оксокислота - в аминокислоту с соответствующим строением радикалов. В итоге
трансаминирование представляет обратимый процесс взаимообмена амино- и оксо- групп. Пример такой реакции - получение
L-глутаминовой кислоты из 2-оксоглутаровой кислоты. Донорной аминокислотой
может служить, например, L-аспарагиновая кислота.
α-Аминокислоты содержат в α-положении
к карбоксильной группе электроноакцепторную аминогруппу (точнее,
протонированную аминогруппу NH3+), в связи с чем способны
к декарбоксилированию.
Элиминирование свойственно аминокислотам, у которых в боковом радикале в β-положении к карбоксильной группе содержится
электроноакцепторная функциональная группа, например гидроксильная или
тиольная. Их отщепление приводит к промежуточным реакционноспособным α-енаминокислотам, легко переходящим в таутомерные
иминокислоты (аналогия с кето-енольной таутомерией). α-иминокислоты в
результате гидратации по связи C=N и последующего отщепления молекулы аммиака
превращаются в α-оксокислоты.
Такой тип превращений имеет название элиминирование-гидратация. Примером
служит получение пировиноградной кислоты из серина.
Альдольное расщепление происходит в случае α-аминокислот,
у которых в β-положении содержится гидроксильная группа. Например, серин
расщепляется с образованием глицина и формальдегида (последний
не выделяется в свободном виде, а сразу связывается с коферментом).
Окислительное дезаминирование может осуществляться с участием
ферментов и кофермента НАД+ или НАДФ+.
α-Аминокислоты могут превращаться в α-оксокислоты
не только через трансаминирование, но и путем окислительного дезаминирования.
Например, из L-глутаминовой кислоты образуется α-оксоглутаровая
кислота. На первой стадии реакции осуществляется дегидрирование (окисление)
глутаминовой кислоты до α-иминоглутаровой кислоты.
На второй стадии происходит гидролиз, в результате которого получаются α-оксоглутаровая кислота и аммиак. Стадия гидролиза
протекает без участия фермента.
В обратном направлении протекает реакция восстановительного аминирования α-оксокислот. Всегда содержащаяся в клетках α-оксоглутаровая кислота (как продукт метаболизма
углеводов) превращается этим путем в L-глутаминовую кислоту.
Окисление тиольных групп лежит в основе взаимопревращений цистеиновых и
цистиновых остатков, обеспечивающих ряд окислительно-восстановительных
процессов в клетке. Цистеин, как и все тиолы, легко окисляется с образованием
дисульфида - цистина. Дисульфидная связь в цистине легко восстанавливается с
образованием цистеина.
|
Благодаря способности тиольной группы к легкому окислению цистеин выполняет
защитную функцию при воздействии на организм веществ с высокой окислительной
способностью. Кроме того, он был первым лекарственным средством, проявившим
противолучевое действие. Цистеин используется в фармацевтической практике в
качестве стабилизатора лекарственных препаратов.
Превращение цистеина в цистин приводит к образованию дисульфидных связей,
например, в восстановленном глутатионе.
Первичная структура пептидов и белков
Условно считают, что пептиды содержат в молекуле до 100 (что соответствует
молекулярной массе до 10 тыс.), а белки - более 100 аминокислотных остатков
(молекулярная масса от 10 тыс. до нескольких миллионов).
Пептидную и белковую молекулу формально можно представить как продукт
поликонденсации α-аминокислот, протекающей с
образованием пептидной (амидной) связи между мономерными звеньями.
Конструкция полиамидной цепи одинакова для всего многообразия пептидов и
белков. Эта цепь имеет неразветвленное строение и состоит из чередующихся
пептидных (амидных) групп -СО-NH- и фрагментов -CH(R)-.
Один конец цепи, на котором находится аминокислота со свободной группой
NH2, называют N-концом, другой - С-концом, на котором находится
аминокислота со свободной группой СООН. Пептидные и белковые цепи записывают с
N-конца.
|
Строение пептидной группы
В пептидной (амидной) группе -СО-NH- атом
углерода находится в состоянии sp2-гибридизации. Неподеленная пара
электронов атома азота вступает в сопряжение с π-электронами двойной связи С=О. С позиций электронного строения пептидная группа
представляет собой трехцентровую p,π-сопряженную систему, электронная
плотность в которой смещена в сторону более электроотрицательного атома
кислорода. Атомы С, Ои N, образующие сопряженную
систему, находятся в одной плоскости. Распределение электронной плотности в
амидной группе можно представить с по- мощью граничных
структур (I) и (II) или смещения электронной плотности в результате +M- и -
M-эффектов групп NH и C=O соответственно (III).
Как видно, α-атомы углерода аминокислотных
остатков располагаются в плоскости пептидной группы по разные стороны от связи
С-N, т. е. в более выгодном тpанс-положении: боковые радикалы R аминокислотных
остатков в этом случае будут наиболее удалены друг от друга в пространстве.
Полипептидная цепь имеет удивительно однотипное строение и может быть
представлена в виде ряда расположенных под углом друг к другу плоскостей
пептидных групп, соединенных между собой через α-атомы
углерода связями Сα-N и Сα-Сsp2.
Вращение вокруг этих одинарных связей весьма ограничено вследствие
затруднений в пространственном размещении боковых радикалов аминокислотных
остатков. Таким образом, электронное и пространственное строение пептидной
группы во многом предопределяет структуру полипептидной цепи в целом.
Состав и аминокислотная последовательность
При единообразно построенной полиамидной цепи специфичность пептидов и
белков определяется двумя важнейшими характеристиками - аминокислотным составом
и аминокислотной последовательностью.
Аминокислотный состав пептидов и белков - это природа и количественное
соотношение входящих в них α-аминокислот.
Амидные связи способны гидролизоваться как в кислой, так и щелочной
среде. Пептиды и белки гидролизуются с образованием либо более коротких цепей -
это так называемый частичный гидролиз, либо смеси аминокислот (в ионной
форме) - полный гидролиз. Обычно гидролиз осуществляют в кислой среде,
так как в условиях щелочного гидролиза многие аминокислоты неустойчивы. Следует
отметить, что гидролизу подвергаются также амидные группы аспарагина и
глутамина.
Первичная структура пептидов и белков - это аминокислотная
последовательность, т. е. порядок чередования α-аминокислотных
остатков.
Первичную структуру определяют путем последовательного отщепления
аминокислот с какого-либо конца цепи и их идентификации.
|
Строение и номенклатура пептидов
Названия пептидов строят путем последовательного перечисления
аминокислотных остатков, начиная с N-конца, с добавлением суффикса -ил, кроме последней С-концевой аминокислоты, для которой
сохраняется ее полное название. Другими словами, названия аминокислот,
вступивших в образование пептидной связи за счет «своей» группы СООН,
оканчиваются в названии пептида на -ил:
аланил, валил и т. п. (для остатков аспарагиновой и глутаминовой кислот
используют названия «аспартил» и «глутамил» соответствен- но). Названия и
символы аминокислот означают их принадлежность к L-ряду, если не указано иное
(D или DL).
Иногда в сокращенной записи символами Н (как часть аминогруппы) и ОН (как
часть карбоксильной группы) уточняется незамещенность функциональных групп
концевых аминокислот. Этим способом удобно изображать функциональные
производные пептидов; например, амид приведенного выше пептида по С-концевой аминокислоте записывается Н-Asn-Gly-Phe-NH2.
|
Вторичная структура полипептидов и белков
Для высокомолекулярных полипептидов и белков наряду с первичной
структурой характерны и более высокие уровни организации, которые называют вторичной,
третичной и четвертичной структурами.
Вторичная структура описывается пространственной ориентацией основной
полипептидной цепи, третичная - трехмерной архитектурой всей белковой молекулы.
Как вторичная, так и третичная структура связана с упорядоченным расположением
макромолекулярной цепи в пространстве. Третичная и четвертичная структура
белков рассматривается в курсе биохимии.
Расчетным путем было показано, что для полипептидной цепи одной из
наиболее выгодных конформаций является расположение в пространстве в виде
правозакрученной спирали, названной α-спиралью.
Пространственное расположение α-спирализованной
полипептидной цепи можно представить, вообразив, что она обвивает некий цилиндр.
Основную роль в закреплении такой конформации цепи играют водородные
связи, которые в α-спирали образуются между
карбонильным атомом кислорода каждого первого и атомом водорода NН-группы
каждого пятого аминокислотного остатка.
Водородные связи направлены почти параллельно оси α-спирали.
Они удерживают цепь в закрученном состоянии.
Другим видом вторичной структуры полипептидов и белков является β-структура, называемая также складчатым
листом, или складчатым слоем. В складчатые листы укладываются
вытянутые полипептидные цепи, связываемые множеством водородных связей между
пептидными группами этих цепей. Во многих белках одновременно содержатся α-спиральные и β-складчатые структуры.